Zbog relativno male površine i nevelike nadmorske visine, klima je na cijelom području Kornata gotovo potpuno izjednačena. Zbog oskudne kopnene vegetacije, rosa je obično obilna i donekle nadomješta kišu. Prema Köeppenovoj podjeli, Kornati imaju umjereno topla kišna klima sa suhim i vrućim ljetom; najviše kiše u jesen.