Šume su stanište za brojan životinjski svijet. Sloj lišća jedno je od najbogatijih mikrostaništa za životinjski svijet u svjetskim razmjerima. To je dom guštera, kukaca, raznih gljiva i bakterija. Zanimljiv je endemski kukac Molops plitvicensis, koji živi u brezovim šumama samo na Plitvicama. U Parku je registrirano 321 vrsta leptira, 157 vrsta ptica, te 20 vrsta šišmiša.
Na prostoru Parka pronađen je crni daždevnjak vrlo rijetka vrsta koja živi u Alpama iznad 1200 m i vrlo se rijetko može naći na nadmorskim visinama ispod 1000 m. Na području Plitvica postoji stabilna populacija šišmiša širokouhog mračnjaka , koji je vrlo osjetljiv na uznemiravanja i nedostatak hrane. Mali ćuk najmanji je europski ćuk, živi u crnogoričnim i mješovitim šumama na području Parka.